Михаил Фокин родился в Петербурге 26 апреля 1880 и в возрасте 9 лет был принят в Петербургское театральное училище. Занимался в классе Н. Легата. В 1898 г. дебютировал на сцене Мариинского театра в балете «Пахита».
Врожденные данные и артистизм вывели его в ведущие солисты труппы. Фокин танцевал основные партии в академических постановках — «Дон Кихот», «Раймонда», «Лебединое озеро», «Спящая красавица» и др. Выступал Фокин также и в характерных танцах, а позже исполнял роли и в собственных постановках балетов «Шопениана», «Дафнис и Хлоя», «Карнавал», «Жар-птица».
В 1905 г. дебютировал в качестве балетмейстера, в 1910 г. стал хореографом Мариинского театра.
Михаил Фокин сделал самостоятельным жанром бессюжетный балет, создавая его средствами как классического танца («Шопениана»), так и характерного («Арагонская хота»).
В работе над спектаклями сотрудничал со многими известными художниками (А. Бенуа, Л. Бакст, М. Добужинский, Н. Рерих, С. Судейкин, Н. Гончарова, А. Головин) и композиторами (И. Стравинский, С. Рахманинов, А. Глазунов).
В 1901 — 1910 г.г. преподавал в Петербургском театральном училище.
В 1909 — 1912 и 1914 г.г. был художественным руководителем, балетмейстером и танцовщиком Русских сезонов и Русского балета С. Дягилева.
В 1918 г. вместе со своей женой Верой Фокиной уехал на гастроли в Швецию и в Россию больше не вернулся. С 1921 г. жил в США. Как исполнитель выступал до 1933 г.
В 1931 г. работал в театре «Колон» в Буэнос-Айресе, в 1934 — 1935 г.г. — в Парижской опере, в 1936 г. — в труппе «Балле рюс де Монте-Карло», в 1937 — 1939 г.г. — в труппе «Балле рюс де Базиль».       В 1924 — 1942 г.г. руководил студией в Нью-Йорке.
Помимо упомянутых выше, Михаил Фокин создал балеты «Умирающий лебедь», «Шехерезада», «Петрушка», «Половецкие пляски», «Золотой петушок», «Эрос», «Видение розы» и др.
Поставленные Фокиным балеты, многие из которых до сих пор входят в репертуар ведущих мировых театров, стали заметным явлением в балетном искусстве ХХ века.
Перу Фокина принадлежат книга воспоминаний «Против течения» и ряд статей о балете.
Умер Михаил Фокин в Нью-Йорке в 1942 г.